ดนัยฤทธิ์ วัชราภรณ์ ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดศรีสะเกษสมัยแรก ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป มีนาคม พ.ศ. 2535 สังกัดพรรคกิจสังคม คู่กับสง่า วัชราภรณ์ บิดา ต่อมาได้รับเลือกตั้งเป็นสมัยที่ 2 ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป กันยายน พ.ศ. 2535 สังกัดพรรคกิจสังคมเช่นเดียวกัน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2538 ได้ย้ายไปร่วมงานกับพรรคชาติไทย และได้รับเลือกตั้งเป็นสมัยที่ 3 รวมทั้งในปี พ.ศ. 2539 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมัยที่ 4 ในสังกัดพรรคความหวังใหม่ จากนั้นในปี พ.ศ. 2543 ได้ย้ายไปร่วมงานกับพรรคไทยรักไทย และลงสมัครรับเลือกตั้งเป็น ส.ส.สมัยที่ 5 ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 แต่ต่อมาถูกสั่งให้มีการเลือกตั้งใหม่ (ใบเหลือง)

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 เขาย้ายไปสังกัดพรรคพลังประชารัฐ[2] และลงสมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ[3] แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง